Es wird oft angenommen, dass die Bonsai-Kunst ihren Ursprung in Japan hat, aber das stimmt nicht. Die Geschichte des Bonsai erstreckt sich über Tausende von Jahren und über mehrere Kulturen hinweg.
Die frühesten Belege für einen Bonsai finden sich in China. Vor mehr als tausend Jahren, etwa im Jahr 700, wurde eine Höhlenzeichnung einer Frau mit Bonsai-Bäumen in der Hand angefertigt.
Hier wurde die Praxis „Penjing“ genannt, was wörtlich „Landschaft im Topf“ bedeutet. Penjing strebte danach, ganze Landschaften im Miniaturformat nachzubilden, mit Bäumen, Felsen und sogar kleinen Gebäuden. Es waren diese chinesischen Kreationen, die den Grundstein für die spätere Bonsai-Kunst legten.
Durch Handel und kulturellen Austausch gelangte die Kunst der Miniatur-Topfbäume irgendwann im 6. bis 8. Jahrhundert nach Japan. Die inspirierten Japaner wandten ihren eigenen Ansatz an und entwickelten die Kunstform zu dem weiter, was wir heute als Bonsai kennen. Während sich beim Penjing oft ausgedehnte Landschaften konzentrierten, legte der japanische Bonsai mehr Wert auf den Baum selbst und legte Wert auf Einfachheit, Symmetrie und die Nachahmung natürlicher Formen.
Im Laufe der Jahrhunderte entwickelte sich Bonsai in Japan zu einer angesehenen Kunstform, wobei sich verschiedene Stile und Techniken von aufrechten Stilen zu naturgetreuen Werken entwickelten, die das Wachstum von Bäumen auf steilen Klippen nachahmen. 
Erst im 20. Jahrhundert, nach dem Zweiten Weltkrieg, wurde die Bonsai-Kunst weltweit wirklich populär, als Soldaten und Reisende aus dem Westen diese besondere Kunstform kennenlernten und nach Hause brachten.
Heute ist Bonsai eine globale Kunst und ein Hobby, das von Menschen aller Hintergründe und Kulturen praktiziert wird, aber die tiefen historischen Wurzeln und philosophischen Bedeutungen, die es in sich trägt, bleiben unverändert. Es ist eine Kunstform, die nicht nur die Schönheit der Natur feiert, sondern auch die Harmonie zwischen Mensch und Natur und das ewige Streben nach Wachstum und Verständnis.